Rugal Bernstein é um traficante de armas e drogas extremamente rico e notório, além de ser um lutador incrivelmente habilidoso e implacável. Entediado com a falta de desafios à altura, Rugal decide organizar um novo torneio King of Fighters. Ele envia sua secretária a oito destinos ao redor do mundo para convidar lutadores para o evento. Ao contrário dos torneios KOF anteriores retratados na série Fatal Fury, este novo King of Fighters é uma competição por equipes, contando com a participação de oito times de três integrantes, cada um representando uma nacionalidade diferente. A maioria dos personagens provém de outros jogos da SNK; um exemplo é o Time Itália, composto por três heróis do Fatal Fury original: Terry Bogard, Andy Bogard e Joe Higashi. Os dois heróis de Art of Fighting (Ryo Sakazaki e Robert Garcia), juntamente com seu mentor e pai de Ryo (Takuma Sakazaki), formam o Time México. O Time Coreia traz Kim Kaphwan, de Fatal Fury 2, liderando dois condenados que ele tenta reabilitar — Chang Koehan e Choi Bounge —, enquanto o Time Inglaterra é uma combinação de lutadoras de Fatal Fury 2 (Mai Shiranui) e da série Art of Fighting (Yuri Sakazaki e King). Os dois heróis de Psycho Soldier (Athena Asamiya e Sie Kensou) formam o Time China ao lado de seu mentor, Chin Gentsai. Da mesma forma, o Time Brasil conta com os heróis de Ikari Warriors (Ralf e Clark) e seu oficial comandante, Heidern. Além disso, o jogo apresenta duas equipes compostas inteiramente por personagens inéditos: o Time Japão, com Kyo Kusanagi, Benimaru Nikaido e Goro Daimon, e o Time EUA, formado por Heavy D!, Lucky Glauber e Brian Battler.